セミナー・シンポジウム

シングルセルの新しいテクノロジー・GEM-Xは、生物学研究における画期的な洞察を実現するための感度、堅牢性、およびスループットの向上といった点で、従来の3‘及び5’試薬に比べ大幅にパワーアップした性能を持っています。

また、VisiumHDは、大幅に解像度がアップ、詳細な遺伝子発現データの統合を可能にし、

研究者がこれまで見過ごされがちだった細胞間相互作用や組織内微細構造を明らかにします。

組織レベルでの細胞解析を新たな次元へと導く、先進的なスペーシャルオミクスプラットフォームをご紹介します。

本セミナーでは、10x Genomicsの空間的遺伝子発現解析プラットフォーム「Xenium」と「Visium」を紹介します。

Xeniumは、超解像度のRNA in situ技術を用い、細胞レベルで数千遺伝子の遺伝子発現を高感度に検出できるプラットフォームです。

最近ではヒト・マウス向けに5,000近い遺伝子を解析できるパネルもリリースされました。

一方、Visiumは、組織全体の全てのコーディング遺伝子の発現をマッピングし、また最新のVisium HDでは2 μmという高い解像度にアップグレードしています。

本ウェビナーではVisiumとXeniumの違いを説明し、どのように使い分けるかをディスカッションする予定です。

シングルセルの新しいテクノロジー・GEM-Xは、生物学研究における画期的な洞察を実現するための感度、堅牢性、およびスループットの向上といった点で、従来の3‘及び5’試薬に比べ大幅にパワーアップした性能を持っています。

また、VisiumHDは、大幅に解像度がアップ、詳細な遺伝子発現データの統合を可能にし、

研究者がこれまで見過ごされがちだった細胞間相互作用や組織内微細構造を明らかにします。

組織レベルでの細胞解析を新たな次元へと導く、先進的なスペーシャルオミクスプラットフォームをご紹介します。

シングルセル化の各ステップの確認ができるBD Rhapsody Scanner システムは、

臨床サンプルや稀少なサンプルを使用されている先生にとってメリットのあるプラットフォームとなっております。

本セミナーでは、システムの特長や来年1月から発売開始予定の新製品について一早くご紹介いたします。

昨年度、大盛況のうちに幕を閉じましたNGS EXPOですが、今年度の開催が決定いたしました。

本会はNGS技術の普及、発展を目的とし、NGS EXPO実行委員会、大阪大学免疫学フロンティア研究

センター、大阪大学バイオインフォマティクスセンターが主催する学術会です。

本会は専門分野に縛られない、サイエンスを楽しむ会を目指しております！

皆様のご参加をお待ちしております！

2019年末にリリースされたVisium は、HEまたは免疫蛍光染色された新鮮凍結やFFPE組織切片から、

遺伝子のトランスクリプトームを形態的な背景と一緒に解析できます。ただ、直径55μmというスポットのサイズが、解像度という点で研究目的によっては十分で無い場合もありました。

今後リリースされるVisium HDは、解像度も切片のカバー率もこれまでより大幅に上がります。

本セミナーではアメリカの学会で紹介された最新データをいち早くご紹介します。

●セミナー内容

【オーリンクプロテオミクス株式会社による新規プロテオーム解析技術のご案内】

タンパク質解析をqPCRもしくはNGSを使って分析するユニークな手法で、精度よく網羅的に定量解析ができる技術を開発しました。

例えば、5300種類以上のタンパク質を、2μの血清や血漿から分析が可能です。

当日は、数十～数千種類のプロテオーム解析サービスのご紹介を致します。

【講演】

講演者：松本 寿健先生（大阪大学医学部附属病院 高度救命救急センター）

演題：PEA法に基づく新規プロテオミクスの特徴と臨床応用

Proximity Extension Assay (PEA) 法に基づく新たな血漿プロテオーム解析を用いて２つの前向き観察研究を行い、それらの観察研究を通して得た知見に基づいた、PEA法に基づく血漿プロテオームの特徴と臨床応用法に関しての考察

Oxford Nanopore Technologies社が提供するNanoporeシークエンスは、

独自の技術を用い、より短時間かつ現実的な費用で、メチル化異常やゲノムの構造異常の検出を可能にすると共に、従来のNGSが苦手としていた100kbpを超えるリードの配列決定も可能となっております。

ロングリードシークエンスの登場により、 シングルセルシークエンスは新時代に突入しており、

トランスクリプトをアイソフォームレベルで調べることや、選択的スプライシングと遺伝性突然変異のペアを簡便に検討できます。

本セミナーでは、ナノポアの原理から幅広い分野にわたるアプリケーションAdaptive Samplingのご活用例などもご紹介致します。

また、セミナー終了後には、先生ご自身の研究でどのようにご活用いただけるかを、個別にご相談いただくことも可能です。

磁気浮揚技術を用いた世界初の生細胞エンリッチメントシステムをご案内します。

近年、シングルセル遺伝子解析が普及してきており、より精度の高い解析が求められています。

そのためには良質な生細胞を取得することは不可欠です。

しかし、従来の方法では細胞への物理的影響、また細胞数の少ない貴重なサンプルのロスが避けられずシングルセル研究者にとって大きなハードルとなっております。

本セミナーではラベルフリーで細胞に負荷のない良質なサンプルをエンリッチするLeviCellシステムをご紹介させて頂きます。

この度、BD Rhapsody™ システムに、ハイスループットな機能を備えた新製品

BD Rhapsody™ HT Xpress システムを 発売しました。 

当日は、新しいBD Rhapsody™ HT Xpress システムの特長に加え、コスト削減も期待できる柔軟なシングルセル解析手法についてご案内致します。 

また、技術講習会では、BD Rhapsody™ HT Xpress システムの実機を目の前でご確認いただき、操作方法等をご説明致します。

この数年、シングルセルRNA-seq解析が、ハイインパクトの研究に多く利用されるようになっています。

一方、解析には複雑な解析プロセスや膨大な計算量が必要です。

Dr.Tomプラットフォームは、煩雑な解析プロセスと多様なツールを集成し、

完全に可視化されたアプリケーションによって研究者に最適なデータ解析ソリューションを提供します。

本ウェビナーでは、Dr.Tomを使用したシングルセル解析方法やBGIのワンストップシングルセルソリューションについて実演を交えて紹介します。

近年、空間情報と紐づいた網羅的な遺伝子発現解析である空間トランスクリプトミクスが

注目を集めています。

この次世代の解析技術はSingle cell RNA sequence技術を拡張したもので、

遺伝子発現情報に組織切片上の位置情報を結びつけた新たな視点からのトランスクリプトーム解析が可能です。

なかでも、smFISHをベースとしたMERFISHは、細胞または組織切片上のRNA転写物を直接可視化してカウントすることで、シングルセルレベルの空間トランスクリプトミクスを実現しています。

本セミナーでは、MERFISHを基盤技術とした最新の空間ゲノミクス解析ソリューショMERSCOPE™をご紹介します。

RNA-seqは有力ツールとして様々な研究分野において幅広く応用されています。

一方、バイオインフォマティクス解析に必須なハードウェア、ソフトウエアや

プログラミングスキルを取得するためのコストはまだ高いと考えられています。

今回のwebinarでは、完全可視化したUIでデータマイニングができるDr.Tomシステムと

それを用いたRNA-seqのデータ解析例を紹介します。 

10x Genomics の Xenium in situ プラットフォームは、汎用性の高い装置、消耗品、パネル、ソフトウェアが含まれるプラットフォームです。

研究をスムーズに進められるよう、サンプル準備からデータ解析まで10x Genomicsスタッフがサポートいたします。

本ウェビナーではXeniumの特徴と機能、またデータ例についてもご紹介いたします。

組織中のRNAとタンパク質の空間的プロファイリングがどのような知見をもたらすのか、

ぜひその一端をご覧ください。 

先日、10x社Xeniumシステムをご紹介させて頂きましたが、今回はVizgen社MERSCOPEのご紹介です。本機はすでに販売されており、使用した結果も多くの論文で発表されています。
　基盤技術であるMERFISH(MultiplexedError-RobustFluorescenceInSituHybridization)は、シーケンス不要の高解像度空間トランスクリプトーム技術であり、smFISH法と独自のバーコーディングを組み合わせることで、多数遺伝子の1分子検出を実現しています。100 nmの高解像度を実現しており、低発現遺伝子を1分子感度で検出可能な特徴をもっています。

ここ数年、当室においてもシングルセル解析を実施される方は指数関数的に増え、シングルセル解析が必須で一般的なツールになりつつあることを実感しております。また、ご興味がある方も多く、昨年度は600名を超える参加者がおられました。

本年は、シングルセルのみならず、NGSに関する統合的な会とし、様々な分野におけるご研究の発表、情報収集の場となることを目指しております。

当日は、シングルセル解析、NGS関連解析を第一線で実施されている先生方にご講演を頂くとともに、各メーカーからもアップデートや今後リリース予定の商品について紹介をして頂く予定です。

In situ技術における最近の進歩により、高い細胞解像度を維持しながら、組織内で同時に検出できるRNA数は飛躍的に増加しています。10x GenomicsのXenium In Situ解析システムは、FFPE切片や新鮮凍結切片から、発現していた数百種類のRNAの細胞内局在を検出します。遺伝子を特異的に検出するため設計されたペアプローブと、検出感度を上げるための環状プローブ増幅技術により、高い解像度を保持しつつ多くのターゲット遺伝子発現を解析できるように設計されています。組織・研究テーマごとの遺伝子既存パネルが用意され、パネルへは遺伝子の追加が可能です。Xeniumは2022年末のリリースを予定しています。

【セミナー詳細】
日時：　2022年6月3日（金）13:30開始（13:00開場）
会場：　大阪大学 吹田キャンパス 銀杏会館
定員：　先着40名様

【プログラム】
• 13:30 – 開式
• 13:40 – シングルセルソリューションで生物の複雑性を解明 (10x Genomics)
• 14:15 – 招待講演：シングルセル解析で明らかにする急性冠症候群責任プラークの特徴（神戸大学大学院医学研究科内科学講座　江本拓央先生）
• 15:00 – 休憩
• 15:15 – 空間生物学の未来を切り開く(10x Genomics)
• 16:00 – 実験・研究に関する相談セッション（実験計画、サンプル調製など）